تضامنًا مع حق الشعب الفلسطيني |
ملف:Dna-SNP.svg
![ملف:Dna-SNP.svg](https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/2e/Dna-SNP.svg/520px-Dna-SNP.svg.png)
الملف الأصلي (ملف SVG، أبعاده 520 × 333 بكسل، حجم الملف: 1٫15 ميجابايت)
![]() | هذا ملف من ويكيميديا كومنز. معلومات من صفحة وصفه مبينة في الأسفل. كومنز مستودع ملفات ميديا ذو رخصة حرة. |
ملخص
الوصفDna-SNP.svg |
English: A Single Nucleotide Polymorphism is a change of a nucleotide at a single base-pair location on DNA. Created using OpenSCAD v2021.01 and Inkscape v1.0.2. |
التاريخ | |
المصدر | عمل شخصي |
المؤلف | David Eccles (Gringer) |
Construction process
This file was derived from a 3D model of DNA, converted to SVG and coloured using David Eccles' STL2SVG script:
type=orig; ~/scripts/stl2svg.pl ./DNA_linear_complete_helix1.stl:330 ./DNA_linear_complete_helix2.stl:200 ./DNA_linear_complete_${type}_A.stl:140 ./DNA_linear_complete_${type}_C.stl:250 ./DNA_linear_complete_${type}_G.stl:90 ./DNA_linear_complete_${type}_T.stl:30 > out_${type}.svg type=mut; ~/scripts/stl2svg.pl ./DNA_linear_complete_helix1.stl:330 ./DNA_linear_complete_helix2.stl:200 ./DNA_linear_complete_${type}_A.stl:140 ./DNA_linear_complete_${type}_C.stl:250 ./DNA_linear_complete_${type}_G.stl:90 ./DNA_linear_complete_${type}_T.stl:30 > out_${type}.svg
The DNA models were then combined and annotated using Inkscape. The DNA backbone for the model is a pentagon extruded over a sine wave using David Eccles' guided path extrude script. The model source file (in OpenSCAD format) is shown below:
use <guided_extrude.scad>; hl = 100; // helix length hp = 33.2; // helix pitch [in angstroms] hr = 10; // helix radius [in angstroms] bbr = 1.5; // backbone radius loops = hl / hp; // random bases //bases = rands(0, 4, ceil(360 * loops / 34.3),1); // *GRINGENE* -- TAA GGN MGN ATH AAY GGN GAR AAY GAR TGA // -- TAA GGC AGG ATC AAC GGC GAG AAC GAG TGA // A = 0; G = 1; C = 2; T = 3 // [different from my usual order, // to simplify the 3D model logic] bases = [3,3,3, 1,1,2, 0,1,1, 0,3,2, 0,0,2, 1,1,2, 1,0,1, 0,0,2, 1,0,1, 3,1,0]; bAng = atan2(sin(120) - sin(0), cos(120) - cos(0)); drawMode = "all"; module lineTo(x1, x2){ hull(){ translate(x1) sphere(r=0.25, $fn=5); translate(x2) sphere(r=0.25, $fn=5); } } backbone_profile = [for(th = [0:72:359]) [bbr*cos(th), bbr*sin(th)*1]]; inc = floor($t * 30); thf = ($t * 30) - inc; h1limit = (360 * loops); h1jump = (360 * loops); helix_1 = [for(th = [(thf*34.3):(34.3/2):h1jump]) [hr * cos(th), hr * sin(th), hl * th / (360 * loops)]]; helix_2 = [for(th = [120:(34.3/2):(360 * loops+120)]) [hr * cos(th), hr * sin(th), hl * (th-120) / (360 * loops)]]; module purine(){ linear_extrude(height=0.75, center=true){ // average hydrogen bond length in water: 1.97 A // https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_bond#Structural_details translate([-0.985,0]) // scale: average of C-C and C=C bond length scale(1.435) translate([-2,0]) rotate(12) rotate(18){ rotate(-30) translate([1,0]) circle(r=1, $fn=6); color("blue") rotate(36) translate([-1 / (2*sin(36)),0]) circle(r=1 / (2*sin(36)), $fn=5); } } } module pyrimidine(){ linear_extrude(height=0.75, center=true){ // average hydrogen bond length in water: 1.97 A // https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_bond#Structural_details translate([-0.985,0]) scale(1.435) translate([-2, 0]) translate([1,0]) circle(r=1, $fn=6); } } $vpt = [0, 0, 0]; //$vpr = [310, 105, 10]; $vpr = [0, 0, 0]; rotate([310, 105, 130]) translate([0,0,-hl/2]) { if(drawMode == "all" || drawMode == "helix1") color("lightblue") mapExtrude("vertCylinder", backbone_profile, helix_1); if(drawMode == "all" || drawMode == "helix2") color("pink") mapExtrude("vertCylinder", backbone_profile, helix_2); for(thb = [inc:(360 * loops / 34.3 + inc)]) { thi = thb-inc; th = (thi-thf) * 34.3; thisBase = bases[floor(thb%30)]; doPur = (thisBase < 2); // base bond has a -1.2° angle; // not quite sure how to implement that baseFrac = (doPur ? 0.55 : 0.45); baseFInv = 1 - baseFrac; translate([0,0,hl * th / (360 * loops)]) rotate([-1.2,0,0]){ if(drawMode == "all" || drawMode == "helix2") color("pink") lineTo([hr * cos(th)*(baseFrac-0.15) + hr * cos(th+120) * (baseFrac+0.15), hr * sin(th)*(baseFrac-0.15) + hr * sin(th+120) * (baseFrac+0.15)], [hr * cos(th+120), hr * sin(th+120)]); if(th < (h1jump)) if(drawMode == "all" || drawMode == "helix1") color("lightblue") lineTo([hr * cos(th), hr * sin(th)], [hr * cos(th)*(baseFrac+0.15) + hr * cos(th+120) * (baseFrac-0.15), hr * sin(th)*(baseFrac+0.15) + hr * sin(th+120) * (baseFrac-0.15)]); if(drawMode == "all" || (drawMode == "A" && thisBase == 0) || (drawMode == "G" && thisBase == 1) || (drawMode == "C" && thisBase == 2) || (drawMode == "T" && thisBase == 3) ) color((thisBase < 1) ? "green" : (thisBase < 2) ? "gold" : (thisBase < 3) ? "blue" : "red") translate([hr * cos(th)*baseFrac + hr * cos(th+120) * baseFInv, hr * sin(th)*baseFrac + hr * sin(th+120) * baseFInv]) rotate(180 + bAng + th) if(doPur) { purine(); } else { pyrimidine(); }; if(drawMode == "all" || (drawMode == "A" && thisBase == 3) || (drawMode == "G" && thisBase == 2) || (drawMode == "C" && thisBase == 1) || (drawMode == "T" && thisBase == 0) ) if(th < (h1jump)) color((thisBase < 1) ? "red" : (thisBase < 2) ? "blue" : (thisBase < 3) ? "gold" : "green") translate([hr * cos(th)*baseFrac + hr * cos(th+120) * baseFInv, hr * sin(th)*baseFrac + hr * sin(th+120) * baseFInv]) rotate(bAng+th) if(doPur) { pyrimidine(); } else { purine(); }; } } if(drawMode == "all" || drawMode == "helix1") color("lightblue") { translate(helix_1[len(helix_1)-1]) sphere(r=bbr, $fn=5); translate(helix_1[0]) sphere(r=bbr, $fn=5); } if(drawMode == "all" || drawMode == "helix2") color("pink") { translate(helix_2[0]) sphere(r=bbr, $fn=5); translate(helix_2[len(helix_2)-1]) sphere(r=bbr, $fn=5); } }
ترخيص
![]() |
يسمح نسخ وتوزيع و/أو تعديل هذه الوثيقة تحت شروط رخصة جنو للوثائق الحرة، الإصدار 1.2 أو أي إصدار لاحق تنشره مؤسسة البرمجيات الحرة؛ دون أقسام ثابتة ودون نصوص أغلفة أمامية ودون نصوص أغلفة خلفية. نسخة من الرخصة تم تضمينها في القسم المسمى GNU Free Documentation License.http://www.gnu.org/copyleft/fdl.htmlGFDLGNU Free Documentation Licensetruetrue |
![w:ar:مشاع إبداعي](https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/7/79/CC_some_rights_reserved.svg/90px-CC_some_rights_reserved.svg.png)
![نسب العمل إلى مُؤَلِّفه](https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/11/Cc-by_new_white.svg/24px-Cc-by_new_white.svg.png)
- يحقُّ لك:
- مشاركة العمل – نسخ العمل وتوزيعه وبثُّه
- إعادة إنتاج العمل – تعديل العمل
- حسب الشروط التالية:
- نسب العمل إلى مُؤَلِّفه – يلزم نسب العمل إلى مُؤَلِّفه بشكل مناسب وتوفير رابط للرخصة وتحديد ما إذا أجريت تغييرات. بالإمكان القيام بذلك بأية طريقة معقولة، ولكن ليس بأية طريقة تشير إلى أن المرخِّص يوافقك على الاستعمال.
الشروحات
العناصر المصورة في هذا الملف
يُصوِّر
قيمة ما بدون عنصر ويكي بيانات
١٨ ديسمبر 2014
image/svg+xml
تاريخ الملف
اضغط على زمن/تاريخ لرؤية الملف كما بدا في هذا الزمن.
زمن/تاريخ | صورة مصغرة | الأبعاد | مستخدم | تعليق | |
---|---|---|---|---|---|
حالي | 17:07، 8 مايو 2021 | ![]() | 520 × 333 (1٫15 ميجابايت) | commonswiki>Gringer | Update to slightly more accurate 3D model, showing base rings |
استخدام الملف
ال1 ملف التالي مكررات لهذا الملف (المزيد من التفاصيل):
- ملف:Dna-SNP.svg من ويكيميديا كومنز
الصفحتان التاليتان تستخدمان هذا الملف:
بيانات وصفية
هذا الملف يحتوي على معلومات إضافية، غالبا ما تكون أضيفت من قبل الكاميرا الرقمية أو الماسح الضوئي المستخدم في إنشاء الملف.
إذا كان الملف قد عدل عن حالته الأصلية، فبعض التفاصيل قد لا تعبر عن الملف المعدل.
العرض | 520 |
---|---|
الارتفاع | 332.93881 |