كأس الأردن 2012–13 هي النسخة الثالثة والثلاثين من كأس الأردن منذ انطلاقه في عام 1980. هذا الموسم، تغير الشكل من منافسة خروج المغلوب ذهابًا وإيابًا إلى منافسة على أساس مرحلة المجموعات، على غرار درع الاتحاد الأردني 2011. أقيمت المباريات بنظام الذهاب والإياب.
شاركت جميع أندية الدرجة الأولى الاثني عشر، مقسمة إلى مجموعتين من ستة فرق.