عرض مصدر نمط مماثل للحلقة الجذعية 2 لمغم 3' لفيروس كورونا

[[ملف:RF00164-rscape.svg|تصغير|يسار|[[تسلسل محفوظ|التسلسل المحفوظ]] و[[بنية حمض نووي ثانوية|البنية الثانوية]] المتنبئ بها الخاصة بنمط العقدة 2 ({{ام|s2m|stem-loop 2 motif}})]]
'''نمط مماثل للحلقة الجذعية 2 لمغم 3' لفيروس كورونا''' {{إنج|Coronavirus 3′ stem-loop II-like motif}} ويُعرف كذلك بـ({{ام|s2m|stem-loop 2 motif}}) هو هيئة ونمط من أنماط [[بنية حمض نووي ثانوية|البنية الثانوية للرنا]] تم تحديده في [[منطقة غير مترجمة 3'|المنطقة غير المترجمة 3']] الخاصة بجينومات [[فيروسات نجمية|الفيروسات النجمية]] و[[فيروس كورونا|فيروسات كورونا]] و[[فيروس أنفي|الفيروسات الأنفية]] الخيلية.<ref name="pmid9568965">{{استشهاد بدورية محكمة | عدة مؤلفين = Jonassen CM, Jonassen TO, Grinde B | عنوان = A common RNA motif in the 3' end of the genomes of astroviruses, avian infectious bronchitis virus and an equine rhinovirus | صحيفة = The Journal of General Virology | المجلد = 79 ( Pt 4) | العدد = 4 | صفحات = 715–8 | تاريخ = April 1998 | pmid = 9568965 | doi = 10.1099/0022-1317-79-4-715 | doi-access = free }}</ref><ref name="pmid15630477" />، وظيفته غير معروفة لكن وُجد أن العديد من المناطق غير المترجمة 3' تلعب دورا في تضاعف وتعبئة الفيروس.

يبدو أن هذا النمط منحفط على كلا المستويين تسلسل ال[[نوكليوتيد]]ات وبنية التطوي الثانوية ما يوحي باصطفاء تطوري قوي [[تسلسل محفوظ|لانحفاظه]]. تواجد هذا النمط المحفوظ في مختلف العائلات الفيروسية يوحي بأنه كان نتيجة حادثتي [[إعادة التركيب الجيني|تأشيب]] منفصلتين على الأقل.<ref name="pmid15630477" /> حتى اليوم، وُصف s2m في أربع عائلات [[فيروس رنا مفرد السلسلة موجب الاتجاه|فيروسات رنا مفردة السلسلة موجبة الدلالة]]: [[فيروسات نجمية|النجمية]] و[[فيروسات كأسية|الكأسية]] و[[فيروسات بيكورناوية|البيكورناوية]] و[[فيروس كورونا|كورونا]]. يمكن للفيروسات التي تحتوي s2m إصابة مجموعة واسعة من الفقاريات العليا مثل: الطيور، الخفافيش، الأحصنة، الكلاب والبشر، وتبدي [[انتحاء نسيجي|انتحاءات نسيجية]] متنوعة.<ref>{{استشهاد بدورية محكمة | عدة مؤلفين = Tengs T, Kristoffersen AB, Bachvaroff TR, Jonassen CM | عنوان = A mobile genetic element with unknown function found in distantly related viruses | صحيفة = Virology Journal | المجلد = 10 | العدد = 1 | صفحات = 132 | تاريخ = April 2013 | pmid = 23618040 | pmc = 3653767 | doi = 10.1186/1743-422X-10-132 }}</ref><ref>{{استشهاد بدورية محكمة | عدة مؤلفين = Rangan R, Zheludev IN, Hagey RJ, et al. | عنوان = RNA genome conservation and secondary structure in SARS-CoV-2 and SARS-related viruses: a first look | صحيفة = RNA | المجلد = 26 | العدد = 8 | صفحات = 937–959 | تاريخ = August 2020 | pmid = 32398273 | doi = 10.1261/rna.076141.120 | pmc = 7373990 }}</ref> يبدو أن هنالك [[تنادد|نديد أجنبي]] في أنواعٍ من الحشرات ذات الصلة البعيدة.<ref>{{استشهاد بدورية محكمة | عدة مؤلفين = Tengs T, Delwiche CF, Monceyron Jonassen C | عنوان = A genetic element in the SARS-CoV-2 genome is shared with multiple insect species | صحيفة = The Journal of General Virology | المجلد = 102 | العدد = 3 | تاريخ = March 2021 | pmid = 33427605 | doi = 10.1099/jgv.0.001551|pmc=8515862 | doi-access = free }}</ref>

من عائلات الرنا الأخرى التي تم تحديدها في فيروسات كورونا: [[عنصر تحفيز انزياح الإطار لفيروس كورونا]]، [[إشارة تغليف فيروس كورونا|إشارة تجميع فيروس كورونا]] و[[عقدة كاذبة لمغم 3' لفيروس كورونا|العقدة الكاذبة لمغم 3' لفيروس كورونا]].

== الأهمية البيولوجية ==
أثناء إصابة المضيف بالرنا الفيروسي، يبدو أن s2m يرتبط أولا بواحدٍ أو عدة بروتينات كآلية يقوم بها الرنا الفيروسي لتبديل تخليق البروتين الخلوي بالفيروسي، ولوحظ هذا كذلك في تغيير s2m لتطوي جزيئات [[حمض نووي ريبوزي ريبوسومي|الرنا الريبوسومية]] الكبيرة. يُعتبر عنصر الرنا s2m هدفا فعالا في تصميم العقارات [[مضاد فيروسات (دواء)|المضادة للفيروسات]] و[[قليل النوكليوتيد|قليلات النوكليوتيد]] [[رنا مضاد للدلالة|مضادة الدلالة]].<ref name="pmid15630477" /><ref>{{استشهاد بدورية محكمة | عدة مؤلفين = Lulla V, Wandel MP, Bandyra KJ, et al. | عنوان = Targeting the Conserved Stem Loop 2 Motif in the SARS-CoV-2 Genome | صحيفة =  J Virol | المجلد = 95 | العدد = 14 | صفحات = e0066321 | تاريخ = June 2021 | pmid = 33963053 | doi = 10.1128/JVI.00663-21 |pmc=8223950  }}</ref>

 بناء على تحاليل [[معلوماتية حيوية]] تم تحديد [[حمض ريبوزي نووي ميكروي|رنا ميكروي]] بشري (miRNA hsa-mir-1307) يُفترض أنه يتآثر مع المنطقة غير المترجمة 3' لسارس-كوف-2 وتتشابه تآثراته مع نظيرتها في [[فيروس إنفلونزا أ]] [[إتش 5 إن 1|H5N1]] على أنه هدف علاجي محتمل.<ref>{{استشهاد بدورية محكمة | عدة مؤلفين = Chan AP, Choi Y, Schork NJ | عنوان = Conserved genomic terminals OF SARS-COV-2 as co-evolving functional elements and potential therapeutic targets | صحيفة =  mSphere  | المجلد = 5 | العدد = 6 | صفحات = e00754-20 | تاريخ = November 2020 | pmid = 33239366 | doi = 10.1128/mSphere.00754-20 | pmc = 7690956 }}</ref>

== الفرق في بنية s2m بين سارس-كوف وسارس-كوف-2 ==
[[ملف:PDB 1xjr EBI.png|تصغير|يسار|تمثيل للبنية ثلاثية الأبعاد لنمط s2m.<ref name="pmid15630477">{{استشهاد بدورية محكمة | عدة مؤلفين = Robertson MP, Igel H, Baertsch R, Haussler D, Ares M, Scott WG | عنوان = The structure of a rigorously conserved RNA element within the SARS virus genome | صحيفة = PLoS Biology | المجلد = 3 | العدد = 1 | صفحات = e5 | تاريخ = January 2005 | pmid = 15630477 | pmc = 539059 | doi = 10.1371/journal.pbio.0030005 }}</ref>]]
[[ملف:S2m structure of SARS-CoV.png|تصغير|يسار|تمثيل تخطيطي لبنية الرنا الثانوية لـs2m، مع تآثرات ثالثية موضحة بأنها ترابطات بعيدة.]]
البنية الكريستالية الإجمالية (بدقة 2.7 أنغستروم) المحددة ب[[دراسة البلورات بالأشعة السينية|علم البلورات السيني]] الخاصة بنمط s2m الخاص ب[[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 1|سارس-كوف]]<ref name="pmid15630477" /> تختلف عن البنية الثانوية لنمط s2m الخاص ب[[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 2|سارس-كوف-2]] المحددة بواسطة [[مطيافية الرنين المغناطيسي النووي]].<ref>{{استشهاد بدورية محكمة | عدة مؤلفين = Rangan R, Watkins AM, Chacon J, et al. | عنوان = De novo 3D models of SARS-CoV-2 RNA elements from consensus experimental secondary structures | صحيفة = Nucleic Acids Res. | المجلد = 49 | العدد = 6 | صفحات = 3092–3108 | تاريخ = March 2021 | pmid = 33693814 | doi = 10.1093/nar/gkab119 | pmc = 8034642 }}</ref> اقتُرح وجود تآثرات بعيدة بين المنطقة غير المترجمة 5' وs2m في جينوم سارس-كوف-2.<ref>{{استشهاد بدورية محكمة | عدة مؤلفين = Ziv O, Price J, Shalamova L, et al. | عنوان = The Short- and Long-Range RNA-RNA Interactome of SARS-CoV-2 | صحيفة = Molecular Cell | المجلد = 80 | العدد = 6 | صفحات = 1067–1077 | تاريخ = December 2020 | pmid = 33259809 | doi = 10.1016/j.molcel.2020.11.004| pmc = 7643667 }}</ref>

== الطفرات في سارس-كوف-2: منطقة تأشيب ساخنة بدل نمط رنا منحفظ ==
أثناء [[جائحة فيروس كورونا|جائحة كوفيد 19]]، وُجدت العديد من [[حذف (وراثة)|الحذوفات]] أو [[طفرة (أحياء)|الطفرات]] في تسلسلات العديد من جينومات سارس-كوف-2 المستخلصة من أستراليا مثل (29742G>A {{#tag:ref|الطفرة "29742G>A" تعني [[غوانين]] والذي يُرمز له بـ G (طالع {{وإو|ترميز الإيوباك|Nucleic_acid_notation#IUPAC_notation}}) أصبح [[أدينين]] والذي يُرمز له بـ A في الموضع 29742 من الجينوم.|group="ملاحظة"}} أو 29742G>U،{{فاصل}} "G19A"{{#tag:ref|الطفرة "G19A" تعني [[غوانين]] والذي يُرمز له بـ G أصبح [[أدينين]] والذي يُرمز له بـ A في الموضع 19 من النمط s2m، وهي نفس الطفرة 29742G>A.{{فاصل}}|group="ملاحظة"}} أو "G19U") في النمط s2m، وهو ما يشير إلى احتمال حدوث تأشيب رنا في عنصر الرنا هذا. تم التنبؤ بأن المواضع: 29742G("G19") و29744G("G21") و29751G("G28") كانت مواضع تأشيب ساخنة.<ref>{{استشهاد بدورية محكمة | عدة مؤلفين = Yeh TY, Contreras GP | عنوان = Emerging viral mutants in Australia suggest RNA recombination event in the SARS-CoV-2 genome | صحيفة = The Medical Journal of Australia | المجلد = 213 | العدد = 1 | صفحات = 44–44.e1 | تاريخ = July 2020 | pmid = 32506536 | pmc = 7300921 | doi = 10.5694/mja2.50657 }}</ref> رُبطت الطفرة "29742G>U" كذلك بالمسافرين العائدين من إيران إلى أستراليا ونيوزيلندا.<ref>{{استشهاد بدورية محكمة | عدة مؤلفين = Eden JS, Rockett R, Carter I et al. | عنوان = An emergent clade of SARS-CoV-2 linked to returned travellers from Iran | صحيفة = Virus Evolution | المجلد = 6 | العدد = 1 | صفحات = veaa027 | تاريخ = April 2020 | pmid = 32296544 | pmc = 7147362 | doi = 10.1093/ve/veaa027}}</ref> وُجد في ثلاث مرضى ب[[سفينة أميرة الألماس]] طفرتين 29736G > T و29751G > T {{فاصل}} ("G13" و"G28") في النمط s2m الخاص بسارس-كوف-2، وافتُرض أن "G28" كان موضع تأشيب ساخن في متحورات سارس-كوف-2 في أستراليا. تلمح هذه النتائج إلى أن s2m الخاص بسارس-كوف-2 هو منطقة تأشيب/طفرات ساخنة بدل أن يكون نمط رنًا منحفظ كما هو الحال في فيروسات كورونا الأخرى.<ref>{{استشهاد بدورية محكمة | عدة مؤلفين = Yeh TY, Contreras GP | عنوان = Viral transmission and evolution dynamics of SARS-CoV-2 in shipboard quarantine | صحيفة = Bull. World Health Organ. | المجلد = 99 | العدد = 7 | صفحات = 486–495| تاريخ = 1 July 2021 | doi = 10.2471/BLT.20.255752 | pmid = 34248221 | pmc = 8243027 }}</ref>

أظهرت المحاكاة ب[[ديناميكا جزيئية|الديناميكا الجزيئية]] أن كلا متحوري S2M: {{فاصل}} 29734G>C (G11C) و29742G>U (G19U) لسارس-كوف-2 يغيران استقرار بنية الرنا، وهو ما يطرح أسئلة حول الصلة والأهمية الوظيفية لـs2m في تضاعف سارس-كوف-2.<ref>{{استشهاد بدورية محكمة | عدة مؤلفين = Ryder SP, Morgan BR, Coskun P, et al. | عنوان = Analysis of Emerging Variants in Structured Regions of the SARS-CoV-2 Genome | صحيفة = Evol Bioinform Online | المجلد = 17 | صفحات = 11769343211014167 | تاريخ = May 2021 | pmid = 34017166 | doi = 10.1177/11769343211014167 |pmc=8114311 }}</ref>

== ملاحظات ==
{{مراجع|group=ملاحظة}}

== مراجع ==
{{مراجع|محاذاة=نعم}}

{{جينومات فيروس كورونا}}
{{شريط بوابات|علم الوراثة|كيمياء حيوية|علم الفيروسات}}

[[تصنيف:عناصر رنا منظمة-مقرون]]