عبد العزيز: بوت:صيانة المراجع

2023-01-29T01:20:19Z

بوت:صيانة المراجع

صفحة جديدة

{{Infobox protein family
| class = 
| Symbol = Orf10_SARS-CoV-2
| Name = بروتين Orf10، سارس-كوف-2
| image =
| caption =
| Pfam =
| Pfam_clan =
| InterPro = IPR044342
| SMART =
| PROSITE =
| MEROPS =
| CATH =
| SCOP =
| TCDB =
| OPM family =
| OPM protein =
| CAZy =
| CDD =
| Membranome superfamily =
| Membranome family =
}}
'''ORF10''' هو [[قالب قراءة مفتوح|إطار قراءة مفتوح]] ({{ام|ORF|open reading frame}}) يتواجد في جينوم [[فيروس كورونا]] سارس-كوف-2. طوله 38 [[شيفرة جينية|كودونا]]،<ref name="redondo_2021">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Redondo |الأول1=Natalia |الأخير2=Zaldívar-López |الأول2=Sara |الأخير3=Garrido |الأول3=Juan J. |الأخير4=Montoya |الأول4=Maria |عنوان=SARS-CoV-2 Accessory Proteins in Viral Pathogenesis: Knowns and Unknowns |صحيفة=Frontiers in Immunology |تاريخ=7 July 2021 |المجلد=12 |صفحات=708264 |pmid=34305949 | doi=10.3389/fimmu.2021.708264| pmc=8293742}}</ref> وهو [[تسلسل محفوظ|غير منحفض]] في جميع [[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة|فيروسات بيتا السارسية]] (Sarbecoviruses) بما في ذلك [[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 1|سارس-كوف]]. في دراسات حدث بسبب [[جائحة فيروس كورونا|جائحة كوفيد 19]]، أثار ORF10 اهتمام الباحثين لكونه أحد جينين [[تسلسل محفوظ|غير منحفظين]] بين سارس-كوف و[[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 2|سارس-كوف-2]] [[بروتين فيروسي#بروتينات منظمة وملحقة فيروسية|للبروتينات الفيروسية الملحقة]] <ref name="xu_2020">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Xu |الأول1=Jiabao |الأخير2=Zhao |الأول2=Shizhe |الأخير3=Teng |الأول3=Tieshan |الأخير4=Abdalla |الأول4=Abualgasim Elgaili |الأخير5=Zhu |الأول5=Wan |الأخير6=Xie |الأول6=Longxiang |الأخير7=Wang |الأول7=Yunlong |الأخير8=Guo |الأول8=Xiangqian |عنوان=Systematic Comparison of Two Animal-to-Human Transmitted Human Coronaviruses: SARS-CoV-2 and SARS-CoV |صحيفة=Viruses |تاريخ=22 February 2020 |المجلد=12 |العدد=2 |صفحات=244 |doi=10.3390/v12020244 |pmc=7077191}}</ref> ووُصف في البداية على أنه: جين مشفر لبروتين خاضع [[اصطفاء اتجاهي|لاصطفاء ايجابي]] على الأرجح.<ref name="cagliani_2020">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Cagliani |الأول1=Rachele |الأخير2=Forni |الأول2=Diego |الأخير3=Clerici |الأول3=Mario |الأخير4=Sironi |الأول4=Manuela |عنوان=Coding potential and sequence conservation of SARS-CoV-2 and related animal viruses |صحيفة=Infection, Genetics and Evolution |تاريخ=September 2020 |المجلد=83 |صفحات=104353 |doi=10.1016/j.meegid.2020.104353|pmc=7199688 }}</ref> ورغم أنه يُضاف إلى قائمة جينات البروتينات الملحقة الخاصة بسارس-كوف-2 إلا أن دلائل تجريبية و[[معلوماتية حيوية]] تقترح بأن ORF10 على الأرجح ليس جينا مشفرا لبروتين وظيفي.<ref name="jungreis_2021_natcom">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Jungreis |الأول1=Irwin |الأخير2=Sealfon |الأول2=Rachel |الأخير3=Kellis |الأول3=Manolis |عنوان=SARS-CoV-2 gene content and COVID-19 mutation impact by comparing 44 Sarbecovirus genomes |صحيفة=Nature Communications |تاريخ=December 2021 |المجلد=12 |العدد=1 |صفحات=2642 |doi=10.1038/s41467-021-22905-7|pmc=8113528 }}</ref>

== الخصائص ==
يتواجد ORF10 [[عكس الاتجاه ومع الاتجاه (دنا)|مع الاتجاه]] بالنسبة لجين [[بروتين القفيصة النووية لفيروس كورونا|القفيصة النووية]]. وهو إطار القراءة المفتوح الذي وُصِّفَ في أقصى [[الاتجاهية (علم الأحياء الجزيئي)#النهاية 3'|النهاية 3']] من الجينوم، ويشفر بروتينا افتراضيا طوله 38 [[حمض أميني]].<ref name=redondo_2021 />

== التعبير والوظيفة ==
من غير المرجح أن ORF10 يُترجم تحت الظروف الطبيعية، لأن [[رنا جينومي فرعي|الرنا الجينومي الفرعي]] الذي يحتوي على منطقة ORF10 لم يتم تحديده، مع ذلك وُجدت بعض التسلسلات منه في [[برفلة الريبوسوم]].<ref name="finkel_2021">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Finkel |الأول1=Yaara |الأخير2=Mizrahi |الأول2=Orel |الأخير3=Nachshon |الأول3=Aharon |الأخير4=Weingarten-Gabbay |الأول4=Shira |الأخير5=Morgenstern |الأول5=David |الأخير6=Yahalom-Ronen |الأول6=Yfat |الأخير7=Tamir |الأول7=Hadas |الأخير8=Achdout |الأول8=Hagit |الأخير9=Stein |الأول9=Dana |الأخير10=Israeli |الأول10=Ofir |الأخير11=Beth-Din |الأول11=Adi |الأخير12=Melamed |الأول12=Sharon |الأخير13=Weiss |الأول13=Shay |الأخير14=Israely |الأول14=Tomer |الأخير15=Paran |الأول15=Nir |الأخير16=Schwartz |الأول16=Michal |الأخير17=Stern-Ginossar |الأول17=Noam |عنوان=The coding capacity of SARS-CoV-2 |صحيفة=Nature |تاريخ=7 January 2021 |المجلد=589 |العدد=7840 |صفحات=125–130 |doi=10.1038/s41586-020-2739-1}}</ref> حين يُبالغ في التعبير عنه تجريبيا، أُبلغ أن بروتين ORF10 يتآثر مع مركب البروتين المكون من [[ZYG11B]] و{{وإو|لغ=en|تر=Cullin#Cullin-RING ubiquitin ligases|عر=كالين|نص=ليغاز الكالين-رينغ}}.<ref name="gordon_2020">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Gordon |الأول1=David E. |الأخير2=Jang |الأول2=Gwendolyn M. |الأخير3=Bouhaddou |الأول3=Mehdi |الأخير4=Xu |الأول4=Jiewei |الأخير5=Obernier |الأول5=Kirsten |الأخير6=White |الأول6=Kris M. |الأخير7=O’Meara |الأول7=Matthew J. |الأخير8=Rezelj |الأول8=Veronica V. |الأخير9=Guo |الأول9=Jeffrey Z. |الأخير10=Swaney |الأول10=Danielle L. |الأخير11=Tummino |الأول11=Tia A. |الأخير12=Hüttenhain |الأول12=Ruth |الأخير13=Kaake |الأول13=Robyn M. |الأخير14=Richards |الأول14=Alicia L. |الأخير15=Tutuncuoglu |الأول15=Beril |الأخير16=Foussard |الأول16=Helene |الأخير17=Batra |الأول17=Jyoti |الأخير18=Haas |الأول18=Kelsey |الأخير19=Modak |الأول19=Maya |last20=Kim |first20=Minkyu |الأخير21=Haas |الأول21=Paige |الأخير22=Polacco |الأول22=Benjamin J. |الأخير23=Braberg |الأول23=Hannes |الأخير24=Fabius |الأول24=Jacqueline M. |الأخير25=Eckhardt |الأول25=Manon |الأخير26=Soucheray |الأول26=Margaret |الأخير27=Bennett |الأول27=Melanie J. |الأخير28=Cakir |الأول28=Merve |الأخير29=McGregor |الأول29=Michael J. |الأخير30=Li |الأول30=Qiongyu |الأخير31=Meyer |الأول31=Bjoern |الأخير32=Roesch |الأول32=Ferdinand |الأخير33=Vallet |الأول33=Thomas |الأخير34=Mac Kain |الأول34=Alice |الأخير35=Miorin |الأول35=Lisa |الأخير36=Moreno |الأول36=Elena |الأخير37=Naing |الأول37=Zun Zar Chi |الأخير38=Zhou |الأول38=Yuan |الأخير39=Peng |الأول39=Shiming |الأخير40=Shi |الأول40=Ying |الأخير41=Zhang |الأول41=Ziyang |الأخير42=Shen |الأول42=Wenqi |الأخير43=Kirby |الأول43=Ilsa T. |الأخير44=Melnyk |الأول44=James E. |الأخير45=Chorba |الأول45=John S. |الأخير46=Lou |الأول46=Kevin |الأخير47=Dai |الأول47=Shizhong A. |الأخير48=Barrio-Hernandez |الأول48=Inigo |الأخير49=Memon |الأول49=Danish |الأخير50=Hernandez-Armenta |الأول50=Claudia |الأخير51=Lyu |الأول51=Jiankun |الأخير52=Mathy |الأول52=Christopher J. P. |الأخير53=Perica |الأول53=Tina |الأخير54=Pilla |الأول54=Kala Bharath |الأخير55=Ganesan |الأول55=Sai J. |الأخير56=Saltzberg |الأول56=Daniel J. |الأخير57=Rakesh |الأول57=Ramachandran |الأخير58=Liu |الأول58=Xi |الأخير59=Rosenthal |الأول59=Sara B. |الأخير60=Calviello |الأول60=Lorenzo |الأخير61=Venkataramanan |الأول61=Srivats |الأخير62=Liboy-Lugo |الأول62=Jose |الأخير63=Lin |الأول63=Yizhu |الأخير64=Huang |الأول64=Xi-Ping |الأخير65=Liu |الأول65=YongFeng |الأخير66=Wankowicz |الأول66=Stephanie A. |الأخير67=Bohn |الأول67=Markus |الأخير68=Safari |الأول68=Maliheh |الأخير69=Ugur |الأول69=Fatima S. |الأخير70=Koh |الأول70=Cassandra |الأخير71=Savar |الأول71=Nastaran Sadat |الأخير72=Tran |الأول72=Quang Dinh |الأخير73=Shengjuler |الأول73=Djoshkun |الأخير74=Fletcher |الأول74=Sabrina J. |الأخير75=O’Neal |الأول75=Michael C. |الأخير76=Cai |الأول76=Yiming |الأخير77=Chang |الأول77=Jason C. J. |الأخير78=Broadhurst |الأول78=David J. |الأخير79=Klippsten |الأول79=Saker |الأخير80=Sharp |الأول80=Phillip P. |الأخير81=Wenzell |الأول81=Nicole A. |الأخير82=Kuzuoglu-Ozturk |الأول82=Duygu |الأخير83=Wang |الأول83=Hao-Yuan |الأخير84=Trenker |الأول84=Raphael |الأخير85=Young |الأول85=Janet M. |الأخير86=Cavero |الأول86=Devin A. |الأخير87=Hiatt |الأول87=Joseph |الأخير88=Roth |الأول88=Theodore L. |الأخير89=Rathore |الأول89=Ujjwal |الأخير90=Subramanian |الأول90=Advait |الأخير91=Noack |الأول91=Julia |الأخير92=Hubert |الأول92=Mathieu |الأخير93=Stroud |الأول93=Robert M. |الأخير94=Frankel |الأول94=Alan D. |الأخير95=Rosenberg |الأول95=Oren S. |الأخير96=Verba |الأول96=Kliment A. |الأخير97=Agard |الأول97=David A. |الأخير98=Ott |الأول98=Melanie |الأخير99=Emerman |الأول99=Michael |الأخير100=Jura |الأول100=Natalia |الأخير101=von Zastrow |الأول101=Mark |الأخير102=Verdin |الأول102=Eric |الأخير103=Ashworth |الأول103=Alan |الأخير104=Schwartz |الأول104=Olivier |الأخير105=d’Enfert |الأول105=Christophe |الأخير106=Mukherjee |الأول106=Shaeri |الأخير107=Jacobson |الأول107=Matt |الأخير108=Malik |الأول108=Harmit S. |الأخير109=Fujimori |الأول109=Danica G. |الأخير110=Ideker |الأول110=Trey |الأخير111=Craik |الأول111=Charles S. |الأخير112=Floor |الأول112=Stephen N. |الأخير113=Fraser |الأول113=James S. |الأخير114=Gross |الأول114=John D. |الأخير115=Sali |الأول115=Andrej |الأخير116=Roth |الأول116=Bryan L. |الأخير117=Ruggero |الأول117=Davide |الأخير118=Taunton |الأول118=Jack |الأخير119=Kortemme |الأول119=Tanja |الأخير120=Beltrao |الأول120=Pedro |الأخير121=Vignuzzi |الأول121=Marco |الأخير122=García-Sastre |الأول122=Adolfo |الأخير123=Shokat |الأول123=Kevan M. |الأخير124=Shoichet |الأول124=Brian K. |الأخير125=Krogan |الأول125=Nevan J. |عنوان=A SARS-CoV-2 protein interaction map reveals targets for drug repurposing |صحيفة=Nature |تاريخ=16 July 2020 |المجلد=583 |العدد=7816 |صفحات=459–468 |doi=10.1038/s41586-020-2286-9 | pmc=7431030}}</ref> لكن آُظهِر أن هذا التآثر متواجد في الدراسات المختبرية ل[[دورة حياة الفيروس]].<ref name="mena_2021">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Mena |الأول1=Elijah L. |الأخير2=Donahue |الأول2=Callie J. |الأخير3=Vaites |الأول3=Laura Pontano |الأخير4=Li |الأول4=Jie |الأخير5=Rona |الأول5=Gergely |الأخير6=O’Leary |الأول6=Colin |الأخير7=Lignitto |الأول7=Luca |الأخير8=Miwatani-Minter |الأول8=Bearach |الأخير9=Paulo |الأول9=Joao A. |الأخير10=Dhabaria |الأول10=Avantika |الأخير11=Ueberheide |الأول11=Beatrix |الأخير12=Gygi |الأول12=Steven P. |الأخير13=Pagano |الأول13=Michele |الأخير14=Harper |الأول14=J. Wade |الأخير15=Davey |الأول15=Robert A. |الأخير16=Elledge |الأول16=Stephen J. |عنوان=ORF10–Cullin-2–ZYG11B complex is not required for SARS-CoV-2 infection |صحيفة=Proceedings of the National Academy of Sciences |تاريخ=27 April 2021 |المجلد=118 |العدد=17 |صفحات=e2023157118 |doi=10.1073/pnas.2023157118|pmc=8092598}}</ref>

== التطور ==
وصفت بعض دراسات جينومات سارس-كوف-2 الـORF10 بأنه على الأرجح وظيفي وعلى الأرجح تحت [[اصطفاء اتجاهي|اصطفاء إيجابي]].<ref name=cagliani_2020 /> لكن تم تحديد [[كودون توقف|كودونات توقف]] مبتسرة في [[متحورات فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 2|متحورات سارس-كوف-2]]<ref name="pancer_2020">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Pancer |الأول1=Katarzyna |الأخير2=Milewska |الأول2=Aleksandra |الأخير3=Owczarek |الأول3=Katarzyna |الأخير4=Dabrowska |الأول4=Agnieszka |الأخير5=Kowalski |الأول5=Michał |الأخير6=Łabaj |الأول6=Paweł P. |الأخير7=Branicki |الأول7=Wojciech |الأخير8=Sanak |الأول8=Marek |الأخير9=Pyrc |الأول9=Krzysztof |عنوان=The SARS-CoV-2 ORF10 is not essential in vitro or in vivo in humans |صحيفة=PLOS Pathogens |تاريخ=10 December 2020 |المجلد=16 |العدد=12 |صفحات=e1008959 |pmid=33301543| doi=10.1371/journal.ppat.1008959}}</ref> وفي العديد من تسلسلات فيروسات بيتا السارسية، وهو ما يوحي بأن ناتج البروتين المحتمل ليس [[جين لازم|أساسيا]] [[تنسخ الفيروس|لتضاعف الفيروس]].<ref name=jungreis_2021_natcom /> فقدان ORF10 لم يظهر كذلك أي تأثير على التضاعف تحت الشروط التجريبية في المختبر.<ref name=pancer_2020 /> اقتُرح استنادا على تحاليل من [[معلوماتية حيوية|المعلوماتية الحيوية]] أن [[تسلسل محفوظ|انحفاظ هذا التسلسل]] الظاهر في سارس-كوف-2 قد لا يكون بسبب وظيفةٍ في تشفير بروتين بل بسبب [[بنية حمض نووي ثانوية|بنية رنا ثانوية]] منحفظة في هذه المنطقة.<ref name=jungreis_2021_natcom /> تتداخل هذه المنطقة المحفوظة، والتي تمتد وراء الـORF10 نفسه مع [[عقدة كاذبة لمغم 3' لفيروس كورونا|العقدة الكاذبة لمغم 3' لفيروس كورونا]] وهي بنية ثانوية معروفة بدورها في تضاعف الجينوم.<ref name=jungreis_2021_natcom />

== مراجع ==
{{مراجع|محاذاة=نعم}}
{{جينومات فيروس كورونا}}
{{شريط بوابات|علم الوراثة|كيمياء حيوية|علم الفيروسات}}

[[تصنيف:بروتينات فيروس كورونا]]
[[تصنيف:بروتينات فيروسية لابنيوية]]

ORF10 - تاريخ المراجعة

عبد العزيز: بوت:صيانة المراجع