عبد العزيز: Add 4 books for أرابيكا:إمكانية التحقق (20231018sim)) #IABot (v2.0.9.5) (GreenC bot

2023-10-19T01:28:45Z

Add 4 books for أرابيكا:إمكانية التحقق (20231018sim)) #IABot (v2.0.9.5) (GreenC bot

صفحة جديدة

[[ملف:CCAAT_DNA4.jpg|تصغير| النموذج الأيسر عبارة عن مجمع NF-YC/NF-YB مع عنصر CCAAT من مروج الكولاجين المؤيد 2(I). يظهر العمود الفقري للحمض النووي على شكل أشرطة (أرجوانية) مع عرض القواعد. تم تلوين الموقعين المحتملين لصندوق CCAAT، وفقًا للنموذج، باللون الأزرق السماوي. للنموذج الصحيح لمجمع NF-Y/CCAAT. يتم تلوين NF-YC وNF-YB وDNA كما في الشكل الموجود على اليسار، بينما يتم تلوين NF-YA باللون الأزرق. يظهر الموقعان البديلان للرابط الذي يربط بين النطاقين الفرعيين NF-YA1 وNF-YA2 كخطوط منقطة زرقاء. تم تصنيف عناصر البنية الثانوية لزوج هيستون المتورطة في التعرف على NF-YA1 وNF-YA2 (انظر النص) وتلوينها باللون الأحمر والرمادي، على التوالي. من أجل الوضوح، سيتم عرض وتسمية قواعد خماسي النوكليوتيدات CCAAT فقط. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Romier|الأول2=Fabienne|الأخير3=Mantovani|الأول3=Roberto|الأخير4=Moras|الأول4=Dino|المجلد=278|صفحات=1336–1345|DOI=10.1074/jbc.M209635200|العدد=2|PMID=12401788|صحيفة=The Journal of Biological Chemistry|تاريخ=24 October 2002|عنوان=The NF-YB/NF-YC Structure Gives Insight into DNA Binding and Transcription Regulation by CCAAT Factor NF-Y|الأول=Christophe|الأخير2=Cocchiarella}}</ref>]]
في [[علم الأحياء الجزيئي|البيولوجيا الجزيئية]] ، '''صندوق CCAAT''' (يُختصر أيضًا أحيانًا '''مربع CAAT''' أو '''صندوق CAT''' ) هو نمط مميز من [[نوكليوتيد|النيوكليوتيدات]] مع [[تسلسل إجماعي|التسلسل المتفق عليه]] GGCCAATCT الذي يحدث عند المنبع بمقدار 60-100 قاعدة إلى موقع [[نسخ (وراثة)|النسخ]] الأولي. يشير مربع CAAT إلى موقع الربط [[عامل نسخ|لعامل نسخ الحمض النووي]] [[حمض نووي ريبوزي|الريبي]] ، وعادةً ما يكون مصحوبًا بتسلسل إجماعي [[تسلسل محفوظ|محفوظ]] . وهو عبارة عن تسلسل [[حمض نووي ريبوزي منقوص الأكسجين|دنا]] ثابت عند حوالي 70 زوجًا أساسيًا من أصل النسخ في العديد من [[محفز (علم الوراثة)|المحفزين]] في [[حقيقيات النوى|حقيقيات النواة]] . يبدو أن الجينات التي تحتوي على هذا العنصر تتطلب نسخ الجين بكميات كافية. وغالبًا ما يكون غائبًا عن الجينات التي تشفر البروتينات المستخدمة في جميع الخلايا تقريبًا. يُعرف هذا الصندوق مع صندوق GC بعوامل النسخ العامة الملزمة. ينتمي كلا التسلسلين المتفق عليهما إلى [[محفز (علم الوراثة)|المروج]] (التحفيز) التنظيمي. يحدث التعبير الجيني الكامل عندما ترتبط بروتينات منشط النسخ بكل وحدة داخل المحفز التنظيمي. يحدث ربط بروتين محدد لتنشيط صندوق CCAAT. تُعرف هذه البروتينات باسم بروتينات ربط صندوق CCAAT/عوامل ربط صندوق CCAAT.

يعد صندوق كات ميزة موجودة بشكل متكرر قبل مناطق ترميز حقيقيات النوى، ولكنها غير موجودة في بدائيات النوى. <ref>{{استشهاد بكتاب|عنوان=Stedman's Medical Dictionary, Volume 1|مؤلف=Stedman|مؤلف1-الأول=Thomas Lathrop|ناشر=Lippincott Williams & Wilkins|إصدار=28th|isbn=9780781733908|تاريخ=6 December 2005}}</ref>

== التسلسل الإجماعي ==
في اتجاه نسخ شريط القالب ، كان [[تسلسل إجماعي|التسلسل المتفق عليه]] ، أو الترتيب المحسوب بقية| للبقايا الأكثر شيوعًا، لمربع CAAT هو 3'-TG ATTGG (T/C)(T/C)(A/G)- 5'. يشير استخدام الأقواس إلى وجود أي من القاعدة، ولكن لم يتم تحديد تردداتها النسبية. على سبيل المثال، "(T/C)" قد يعني أنه يتم اختيار الثايمين أو السيتوزين بشكل تفضيلي. <ref name="Bi">{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Bi|الأول=Weimin|الأخير2=Wu|الأول2=Ling|الأخير3=Coustry|الأول3=Francoise|الأول4=Benoit de|الأخير5=Maity|الأول5=Sankar N.|المجلد=272|العدد=42|DOI=10.1074/jbc.272.42.26562|صحيفة=The Journal of Biological Chemistry|تاريخ=17 October 1997|صفحات=26562–26572|عنوان=DNA Binding Specificity of the CCAAT-binding Factor CBF/NF-Y|وصلة=https://archive.org/details/sim_journal-of-biological-chemistry_1997-10-17_272_42/page/26562|الأخير4=Crombrugghe}}</ref> داخل [[حيوان|الميتازوا]] (المملكة الحيوانية)، يحتفظ عامل الارتباط الأساسي (CBF) - مجمع الحمض النووي بدرجة عالية من الحفظ داخل نموذج ارتباط CCAAT، بالإضافة إلى التسلسلات المحيطة بهذا الشكل الخماسي. يختلف شكل "سي كات " في النباتات (تم دراسة السبانخ في تجربة) قليلاً عن الميتازوا من حيث أنه في الواقع عبارة عن نموذج ربط كات يفتقر المحفز إلى أحد بقايا C من الشكل الخماسي، والإضافة الاصطناعية للثاني C ليس لها أي آثار كبيرة على نشاط الارتباط. تفتقر بعض التسلسلات إلى صندوق كات تمامًا. ثانيًا، لا تتطابق النيوكليوتيدات المحيطة في النباتات مع التسلسل المتفق عليه أعلاه والذي حدده الباحث "بي" ''وزملائه .'' <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Kusnetsov|الأول=Victor|الأول2=Martin|الأخير3=Meurer|الأول3=Jorg|الأخير4=Oelmuller|الأول4=Ralf|المجلد=274|العدد=50|DOI=10.1074/jbc.274.50.36009|صحيفة=The Journal of Biological Chemistry|تاريخ=10 December 1999|صفحات=36009–36014|عنوان=The Assembly of the CAAT-box Binding Complex at a Photosynthesis Gene Promoter Is Regulated by Light, Cytokinin, and the Stage of the Plastids|وصلة=https://archive.org/details/sim_journal-of-biological-chemistry_1999-12-10_274_50/page/36009|الأخير2=Landsberger}}</ref>

== المروج الأساسي ==
صندوق كات هو ما يُعرف بالمحفز الأساسي، المعروف أيضًا باسم المروج الأساسي أو ببساطة [[محفز (علم الوراثة)|المروج]] ، وهو منطقة من الحمض النووي تبدأ نسخ جين معين. تقع هذه المنطقة، خاصة بالنسبة لصندوق كات على بعد حوالي 60-100 قاعدة عند المنبع (باتجاه نهاية 5')، ولكن على بعد ما لا يقل عن 27 زوجًا قاعديًا، من [[نسخ (وراثة)|موقع النسخ الأولي]] أو من جين حقيقيات النوى الذي يوجد فيه مجمع من الجينات العامة. ترتبط عوامل النسخ مع [[بوليميراز الرنا II]] قبل بدء النسخ. <ref>{{استشهاد بكتاب|عنوان=Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology|مؤلف=Cammack|مؤلف1-الأول=Richard|ناشر=Oxford University Press|سنة=2006|إصدار=2|isbn=9780198529170|doi=10.1093/acref/9780198529170.001.0001|مؤلف2=Atwood|مؤلف2-الأول=Teresa|مؤلف3-الأخير=Campbell|مؤلف3-الأول=Peter|مؤلف4-الأخير=Parish|مؤلف4-الأول=Howard|مؤلف5-الأخير=Smith|مؤلف5-الأول=Anthony|مؤلف6-الأخير=Vella|مؤلف6-الأول=Frank|مؤلف7-الأخير=Stirling|مؤلف7-الأول=John}}</ref> <ref name="Mantovani2">{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Mantovani|الأول=Roberto|صحيفة=Gene|المجلد=239|العدد=1|صفحات=15–27|DOI=10.1016/S0378-1119(99)00368-6|PMID=10571030|تاريخ=18 October 1999|عنوان=The molecular biology of the CCAAT-binding factor NF-Y}}</ref> من الضروري للنسخ أن تكون عوامل الربط الأساسية هذه (يشار إليها أيضًا بالعامل النووي Y أو NF-Y) قادرة على الارتباط بنموذج CCAAT. أظهرت التجارب في العديد من المختبرات أن الطفرات في نموذج "سي كات" التي تسبب فقدان ارتباط CBF تقلل أيضًا من نشاط النسخ لدى تلك المروجين، مما يشير إلى أن مجمعات CBF-CCAAT ضرورية لنشاط النسخ الأمثل. <ref name="مولد تلقائيا1">{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Bi|الأول=Weimin|الأخير2=Wu|الأول2=Ling|الأخير3=Coustry|الأول3=Francoise|الأول4=Benoit de|الأخير5=Maity|الأول5=Sankar N.|المجلد=272|العدد=42|DOI=10.1074/jbc.272.42.26562|صحيفة=The Journal of Biological Chemistry|تاريخ=17 October 1997|صفحات=26562–26572|عنوان=DNA Binding Specificity of the CCAAT-binding Factor CBF/NF-Y|وصلة=https://archive.org/details/sim_journal-of-biological-chemistry_1997-10-17_272_42/page/26562|الأخير4=Crombrugghe}}<cite class="citation journal cs1" data-ve-ignore="true" id="CITEREFBiWuCoustryCrombrugghe1997">Bi, Weimin; Wu, Ling; Coustry, Francoise; Crombrugghe, Benoit de; Maity, Sankar N. (17 October 1997). [[doi:10.1074/jbc.272.42.26562|"DNA Binding Specificity of the CCAAT-binding Factor CBF/NF-Y"]]. ''The Journal of Biological Chemistry''. '''272''' (42): 26562–26572. [[معرف الغرض الرقمي|doi]]:<span class="cs1-lock-free" title="Freely accessible">[[doi:10.1074/jbc.272.42.26562|10.1074/jbc.272.42.26562]]</span>.</cite></ref>

== الربط ==
في تجربة تم إجراؤها باستخدام عوامل الارتباط الأساسية (CBF) ومجمعات الحمض النووي، تمكن الباحثون من تحديد التسلسلات التفضيلية للتحفيز في منطقة أعلى صندوق كات وبالقرب منه مباشرةً، ومنطقتين على جانبي صندوق CAAT. باستخدام عملية اختيار الارتباط العشوائي بوساطة [[تفاعل البوليمراز المتسلسل|PCR]] ، تمكن الباحثون من إظهار أن التسلسل "3' - (T/C)G ATTGG (T/C)(T/C)(A/G) - 5'" يحيط مباشرة تم اختيار منطقة ATTGG (CCAAT في الشريط التكميلي) بشكل تفضيلي على شريط الترميز (عكس حبلا القالب). <ref name="مولد تلقائيا1" /> <ref name="Mantovani">{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Mantovani|الأول=Roberto|تاريخ=1998|المجلد=26|العدد=5|صفحات=1135–1143|DOI=10.1093/nar/26.5.1135|PMCID=147377|PMID=9469818|صحيفة=Nucleic Acids Research|عنوان=A survey of 178 NF-Y binding CCAAT boxes}}</ref> <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Dolfini|الأول=Diletta|الأخير2=Zambelli|الأول2=Federico|الأخير3=Pavesi|الأول3=Giulio|الأخير4=Mantovani|الأول4=Roberto|المجلد=8|العدد=24|صفحات=4127–4137|DOI=10.4161/cc.8.24.10240|PMID=19946211|صحيفة=Cell Cycle|تاريخ=15 December 2009|عنوان=A perspective of promoter architecture from the CCAAT box}}</ref> تم عرض ذلك باستخدام تسلسل قليل النوكليوتيدات (R1) الذي يحتوي على 27 نيوكليوتيدات عشوائية، محاطة بتسلسل محدد من 20 نيوكليوتيد على كل جانب. في حين لم يتم اختيار نيوكليوتيدات واحدة في كل نسخة على جانبي نموذج ATTGG (CCAAT في الشريط التكميلي)، كان هناك العديد من النيوكليوتيدات في المواضع المحددة بترددات عالية. أبرز ما في التسلسل أعلاه هو بقايا G باتجاه نهاية 5' من ATTGG. البقيات الأخرى المدرجة أيضًا كانت ملحوظة، ولكن يوجد انقسام بين بقيتين . أنتجت هذه التجربة نفسها أيضًا نفس التسلسل كما هو موضح أعلاه عند استخدام أوليغو النوكليوتيدات (R2) مختلف يحتوي على نواة ATTGG ويحيط به 12 '5 نيوكليوتيدات عشوائية و10 '3 نيوكليوتيدات عشوائية. كلا التسلسلين متشابهين جدًا وتم تأكيدهما في تجارب متعددة. بالنسبة للتسلسلات التي تحيط بنموذج ATTGG مع اثنين من بقايا الأدينين (AA) في نهايته 5' و G(A/G) في نهايته 3'، يبدو أنها قد حالت دون تكوين مجمع CBF-DNA وحدثت لاحقًا في 1٪ فقط. من تسلسل المروج. <ref name="Bi" /> في تجربة أخرى أجريت مع المحفز الرئيسي المتأخر (MLP) للفيروسات الغدانية (أدينوفيروسات) من مجموعة متنوعة من الأنواع المضيفة، تبين أن طفرة صندوق كات وتسلسل سي كات ، والتي يعتقد أنها تلعب دورًا محوريًا في (MLP) للمجموعة الفرعية C الفيروسات الغدية البشرية، في الأنواع ذات تسلسل CAAT الناقص. تم تقليل بدء النسخ في أنواع MLP المتحولة بشكل ملحوظ مقارنةً بالنوع البري أو الأنواع التي يوجد بها طفرة CAAT. يتوافق الفشل في استعادة الفيروسات الغدية التي تعمل بشكل طبيعي، والتي أظهرها صندوق كات ، مع فكرة أن صندوق كات يلعب دورًا حيويًا في الفيروس الغدي MLP ويـٌفضل على عناصر النسخ الأخرى. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Song|الأخير2=Young|الأول2=C. S. H.|المجلد=72|العدد=4|صفحات=3213–3220|PMCID=109786|PMID=9525647|صحيفة=Journal of Virology|تاريخ=April 1998|عنوان=Functional Analysis of the CAAT Box in the Major Late Promoter of the Subgroup C Human Adenoviruses|وصلة=https://archive.org/details/sim_journal-of-virology_1998-04_72_4/page/3213|الأول=Byeongwoon}}</ref>

== CCAAT في النباتات ==
تتكون عوامل الارتباط الأساسية هذه - أو العوامل النووية (NF-Y) - من ثلاث وحدات فرعية – NF-YA، وNF-YB، وNF-YC. في حين أن كل وحدة فرعية من NF-Y يتم تشفيرها في الحيوانات بواسطة جين واحد، فقد كان هناك تنوع في النباتات من حيث البنية والوظيفة. تتكون عائلات NF-Y من ثمانية إلى 39 عضوًا لكل وحدة فرعية. أحد الأسباب الرئيسية لهذا التنوع هو ازدواج الجينات والازدواج الترادفي، مما يساعد على المساهمة في زيادة أحجام عائلات NF-Y مقارنة بالعوامل النووية الحيوانية المشفرة المفردة. <ref name="Laloum">{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Laloum|الأول=Tom|الأخير2=De Mita|الأول2=Stephane|الأخير3=Gamas|الأول3=Pascal|الأخير4=Baudin|الأول4=Mael|الأخير5=Niebel|الأول5=Andreas|المجلد=18|العدد=3|صفحات=157–166|DOI=10.1016/j.tplants.2012.07.004|PMID=22939172|صحيفة=Trends in Plant Science|تاريخ=March 2013|عنوان=CCAAT-box binding transcription factors in plants: Y so many?}}</ref> تحتوي كل وحدة فرعية على جزء محفوظ تطوريًا - [[نهاية كربوكسيلية|الطرف- C]] لـ NF-YA، والجزء المركزي من NF-YB، والطرف-[[نهاية أمينية|N]] لـ NF-YC، أكثر من 70% منها من كل الأنواع تظل محفوظة. ومع ذلك، لا يتم الحفاظ على المناطق المجاورة بشكل عام. <ref name="مولد تلقائيا2">{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Mantovani|الأول=Roberto|صحيفة=Gene|المجلد=239|العدد=1|صفحات=15–27|DOI=10.1016/S0378-1119(99)00368-6|PMID=10571030|تاريخ=18 October 1999|عنوان=The molecular biology of the CCAAT-binding factor NF-Y}}<cite class="citation journal cs1" data-ve-ignore="true" id="CITEREFMantovani1999">Mantovani, Roberto (18 October 1999). "The molecular biology of the CCAAT-binding factor NF-Y". ''Gene''. '''239''' (1): 15–27. [[معرف الغرض الرقمي|doi]]:[[doi:10.1016/S0378-1119(99)00368-6|10.1016/S0378-1119(99)00368-6]]. [[ببمد|PMID]] [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10571030 10571030].</cite></ref>

=== الوحدة الفرعية NF-YA ===
تقوم عائلة NF-YA بتشفير عوامل النسخ المتغيرة في الطول (بين 207 و347 من الأحماض الأمينية لـ ''[[فصة برميلية|M. truncatula]]'' ). تتميز بروتينات NF-YA عمومًا بمجالين يتم حفظهما بشدة في جميع حقيقيات النوى الأعلى التي تم فحصها حتى الآن. المجال الأول (A1) يحتوي على 20 حمض أميني يشكل [[لولب ألفا|حلزون ألفا]] الذي يظهر بشكل كبير في تفاعلاته مع NF-YB و NF-YC. المجال الثاني (A2) مجاور للمجال A1 بواسطة رابط تسلسل محفوظ وهو تسلسل مكون من 21 حمضًا أمينيًا حيويًا في الحمض النووي المحدد لربط مربع CCAAT. يتم حفظ النطاقين A1 و A2 باتجاه الطرف-C للثدييات، لكنهما يشغلان منطقة أكثر مركزية في الوحدات الفرعية NF-YA النباتية. في النباتات تطورت الوحدة الفرعية NF-YA لتنظيم تطور عضو الجذر الاختياري الموجود فقط في النباتات البقولية ويبدو أنه يتم التعبير عنه في أنسجة الجذر. لقد ثبت أن له خصائص تشبه مقاومة الجفاف، حيث يتم تنظيمه أثناء إجهاد الجفاف في جذور وأوراق نبات ''[[رشاد أذن الفأر|الأرابيدوبسيس]]'' . أظهرت طفرات NF-YA فقدان الوظيفة وفرط الحساسية في الظروف المشابهة للجفاف، وعلى النقيض من ذلك، أدى الإفراط في التعبير عن NF-YA إلى [[تحمل القحط|مقاومة الجفاف]] . <ref name="مولد تلقائيا3">{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Laloum|الأول=Tom|الأخير2=De Mita|الأول2=Stephane|الأخير3=Gamas|الأول3=Pascal|الأخير4=Baudin|الأول4=Mael|الأخير5=Niebel|الأول5=Andreas|المجلد=18|العدد=3|صفحات=157–166|DOI=10.1016/j.tplants.2012.07.004|PMID=22939172|صحيفة=Trends in Plant Science|تاريخ=March 2013|عنوان=CCAAT-box binding transcription factors in plants: Y so many?}}<cite class="citation journal cs1" data-ve-ignore="true" id="CITEREFLaloumDe_MitaGamasBaudin2013">Laloum, Tom; De Mita, Stephane; Gamas, Pascal; Baudin, Mael; Niebel, Andreas (March 2013). "CCAAT-box binding transcription factors in plants: Y so many?". ''Trends in Plant Science''. '''18''' (3): 157–166. [[معرف الغرض الرقمي|doi]]:[[doi:10.1016/j.tplants.2012.07.004|10.1016/j.tplants.2012.07.004]]. [[ببمد|PMID]] [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22939172 22939172].</cite></ref>

=== الوحدة الفرعية NF-YB ===
عائلة NF-YB ، كما هو الحال مع الوحدة الفرعية NF-YA، متغيرة في الطول، ومع ذلك تكون في المتوسط أصغر بكثير من الوحدة الفرعية NF-YA (90-240 من الأحماض الأمينية في "M. truncatula"). لقد تم تمييزها بهيكل وتركيبة من الأحماض الأمينية مشابهة لشكل [[طية الهستون|طيات الهيستون]] (HFM). يتكون هذا من ثلاث حلزونات ألفا مفصولة بنطاقين من حلقات بيتا. على غرار NF-YA ثبت أن NF-YB يعمل أيضًا على تحسين مقاومة الجفاف عند الإفراط في التعبير عنه ، وكذلك تعزيز الإزهار في ''الأرابيدوبسيس'' . <ref name="مولد تلقائيا3" />

=== الوحدة الفرعية NF-YC ===
تعد بروتينات NF-YC ذات حجم متوسط بين بروتينات NF-YA وNF-YB (117–292 من الأحماض الأمينية في إم. ترنكاتولا ) وتحتوي أيضًا على HFM السائد في بروتينات NF-YB. لقد ثبت أيضًا أنه يشارك في وقت التزهير في بعض النباتات (يؤدي الإفراط في التعبير إلى إزهار مبكر) ، إذ من المحتمل أن يتم تنظيم تأثيره عن طريق ربط البروتين CONSTANS (CO) بالوحدة الفرعية NF-YC. <ref name="مولد تلقائيا3" />

== مراجع ==
{{مراجع}}
{{شريط بوابات|علم الأحياء الخلوي والجزيئي}}
{{روابط شقيقة|commons=CCAAT box}}

[[تصنيف:تسلسلات منظمة]]
[[تصنيف:صفحات بترجمات غير مراجعة]]

صندوق كات - تاريخ المراجعة

عبد العزيز: Add 4 books for أرابيكا:إمكانية التحقق (20231018sim)) #IABot (v2.0.9.5) (GreenC bot