عبد العزيز: بوت التصانيف المعادلة: +(تصنيف:قواعد بيانات علم الجينات)

2023-08-17T12:45:20Z

بوت التصانيف المعادلة: +(تصنيف:قواعد بيانات علم الجينات)

صفحة جديدة

{{جدول قاعدة بيانات بيولوجية|title=GenBank|author=|center=[[المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية|NCBI]]|organism=All|released={{تاريخ إطلاق وعمر|1982}}|description=تسلسل النوكليوتيدات لأكثر من 300000 كائن حي مع دعم ببليوغرافي وشروح بيولوجية.|scope={{قائمة غير مرقمة|Nucleotide sequence|Protein sequence}}|url=[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI]|download=[ftp://ftp.ncbi.nih.gov/ ncbi ftp]|webservice={{قائمة غير مرقمة | [http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/ eutils] | [https://web.archive.org/web/20130408115903/http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/soap/v2.0/eutils.wsdl soap]}}|license=Unclear<ref>The [http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/ download page] at [[جامعة كاليفورنيا (سانتا كروز)|UCSC]] says "[[المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية|NCBI]] places no restrictions on the use or distribution of the GenBank data. However, some submitters may claim [[براءات الاختراع البيولوجية]], copyright, or other intellectual property rights in all or a portion of the data they have submitted. NCBI is not in a position to assess the validity of such claims, and therefore cannot provide comment or unrestricted permission concerning the use, copying, or distribution of the information contained in GenBank." {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20200127135455/http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/ |date=27 يناير 2020}}</ref>|webapp=[[بلاست (برمجية)|بلاست]]|standalone=BLAST|format={{قائمة بسيطة|
* [[لغة الترميز القابلة للامتداد]]
* [[ASN.1]]
* Genbank format
}}|pmid=21071399}} '''جينبنك''' أو '''بنك الجينات''' {{إنج|'''GenBank'''}}هي قاعدة بيانات تسلسل ذات [[وصول مفتوح]]، ومجموعة مشروحة من جميع تسلسلات [[نوكليوتيد|النيوكليوتيد]] المتاحة للعامة وترجمات [[بروتين|البروتين]] الخاصة بها. يُنتج ويصون [[المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية|المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية]] (NCBI؛ جزء من [[معاهد الصحة الوطنية الأمريكية|المعاهد الصحة الوطنية]] في [[الولايات المتحدة]] ) قاعدة البيانات كجزء من التعاون الدولي لقاعدة بيانات تسلسل النيوكليوتيد (INSDC).

يتلقى '''جينبانك''' والمتعاونون معه سلاسل تُنتج في المختبرات في جميع أنحاء العالم من أكثر من {{وحدة|100000}} [[كائن حي]] مميز. أطلق [[والتر غواد]] و[[مختبر لوس ألاموس الوطني]] قاعدة البيانات في عام 1982. أصبح جينبانك قاعدة بيانات مهمة للبحث في المجالات البيولوجية ونما في السنوات الأخيرة [[نمو أسي|بمعدل أسي من]] خلال مضاعفة كل 18 شهرًا تقريبًا.<ref name="pmid18073190">{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Benson D|مؤلف2-الأخير=Karsch-Mizrachi|مؤلف5-الأول=D. L.|مؤلف5-الأخير=Wheeler|مؤلف4-الأول=J.|مؤلف4-الأخير=Ostell|مؤلف3-الأول=D. J.|مؤلف3-الأخير=Lipman|مؤلف2-الأول=I.|PMCID=2238942|عنوان=GenBank|PMID=18073190|DOI=10.1093/nar/gkm929|صفحات=D25–D30|العدد=Database|المجلد=36|سنة=2008|صحيفة=Nucleic Acids Research|إظهار المؤلفين=etal}}</ref><ref name="pmid18940867">{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Benson D|مؤلف2-الأخير=Karsch-Mizrachi|مؤلف5-الأول=E. W.|مؤلف5-الأخير=Sayers|مؤلف4-الأول=J.|مؤلف4-الأخير=Ostell|مؤلف3-الأول=D. J.|مؤلف3-الأخير=Lipman|مؤلف2-الأول=I.|PMCID=2686462|عنوان=GenBank|PMID=18940867|DOI=10.1093/nar/gkn723|صفحات=D26–D31|العدد=Database|المجلد=37|سنة=2009|صحيفة=Nucleic Acids Research|إظهار المؤلفين=etal}}</ref>

الإصدار رقم 194، الذي أُنتج في فبراير 2013، يحتوي على أكثر من 150 مليار بيان من النيوكليوتيدات في أكثر من 162 مليون تسلسل.<ref name="ReleaseNotes">{{استشهاد ويب
| مسار = ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt
| عنوان = GenBank release notes
| ناشر = NCBI
| مسار أرشيف = https://web.archive.org/web/20180401094815/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt | تاريخ أرشيف = 1 أبريل 2018 }}</ref> شُيد '''جينبانك''' بعمليات إرسال فردية مباشرة من المختبرات، وكذلك من عمليات إرسال مجمعة من مراكز [[تسلسل الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين|تسلسل]] واسعة النطاق.

== التقديمات ==
يمكن إرسال التسلسلات الأصلية فقط إلى جينبنك. يتم تقديم الطلبات المباشرة إلى جينبنك باستخدام [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/BankIt/ BankIt]، وهو نموذج مستند إلى الويب، أو برنامج التقديم المستقل، [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/ Sequin]. عند استلام تقديم التسلسل، يقوم موظفو جينبنك بفحص أصالة البيانات وتعيين رقم انضمام للتسلسل وإجراء فحوصات ضمان الجودة. تصدر بعد ذلك التقديمات إلى قاعدة البيانات العامة، حيث يمكن استردادها عن طريق [[أنتريه]] أو تنزيلها بواسطة [[بروتوكول نقل الملفات]]. المقدمة الأكبر من [[تسلسل وسم معبر عنه]] (EST)، موقع-التسلسل الموسوم (STS)، [[تسلسل مسح الجينوم|الجينوم المسح تسلسل]] (الشاباك)، وعالية الإنتاجية الجينوم تسلسل وغالبا ما قدمت بيانات (HTGS) من خلال مراكز التسلسل على نطاق واسع. تقوم مجموعة عمليات الإرسال المباشر لـ جينبنك أيضًا بمعالجة تسلسل الجينوم الميكروبي الكامل.

== التاريخ ==
قام [[والتر غواد]] من مجموعة [http://www.lanl.gov/org/padste/adtsc/theoretical/theoretical-biology-biophysics/index.php البيولوجيا النظرية والفيزياء الحيوية] في [[مختبر لوس ألاموس الوطني]] وآخرون بإنشاء قاعدة بيانات تسلسل لوس ألاموس في عام 1979، والتي بلغت ذروتها في عام 1982 بإنشاء جينبنك العام.<ref name="lanl2000">{{استشهاد ويب
| مسار = http://www.lanl.gov/orgs/pa/News/112100.html
| عنوان = Walter Goad, GenBank founder, dies
| تاريخ = 2000-11-21
| موقع = Newsbulletin: obituary
| ناشر = Los Alamos National Laboratory
| الأخير = Hanson
| الأول = Todd
| مسار أرشيف = https://web.archive.org/web/20081107222611/http://www.lanl.gov/orgs/pa/News/112100.html | تاريخ أرشيف = 7 نوفمبر 2008 }}</ref> تم توفير التمويل من قبل [[معاهد الصحة الوطنية الأمريكية|معاهد الصحة الوطنية]]، ومؤسسة العلوم الوطنية، ووزارة الطاقة، ووزارة الدفاع. تعاون LANL في جينبنك مع [[بي بي إن للتكنولوجيا (شركة)|شركة بولت وبرانيك ونيومان]]، وبحلول نهاية عام 1983 تم تخزين أكثر من 2000 تسلسل فيه.

في منتصف الثمانينيات، أدارت شركة المعلوماتية الحيوية الاستعلامية في [[جامعة ستانفورد]] مشروع جينبنك بالتعاون مع LANL.<ref name="lanl1994">[http://www.bio.net/bionet/mm/bionews/1994-January/000877.html LANL GenBank History] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20160303194610/http://www.bio.net/bionet/mm/bionews/1994-January/000877.html |date=3 مارس 2016}}</ref> كواحد من أقدم مشاريع مجتمع [[معلوماتية حيوية|المعلوماتية الحيوية]] على الإنترنت، بدأ مشروع جينبنك مجموعات أخبار [[بايوسي|BIOSCI]] / Bionet لتعزيز اتصالات [[وصول مفتوح|الوصول المفتوح]] بين علماء الأحياء الحيوية. خلال عام 1989 إلى عام 1992، انتقل مشروع جينبنك إلى [[المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية|المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية]] المنشأ حديثًا.<ref name="pmid2326192">{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Benton D|عنوان=Recent changes in the GenBank On-line Service|صحيفة=Nucleic Acids Research|سنة=1990|المجلد=18|العدد=6|صفحات=1517–1520|DOI=10.1093/nar/18.6.1517|PMID=2326192|PMCID=330520}}</ref>
[[ملف:NucleotideSequences 86 87.jpeg|تصغير|359x359بك| جينبنك وEMBL: تسلسل النوكليوتيدات1986/1987 المجلدات من الأول إلى السابع.]]
[[ملف:Genbank100CD.jpg|تصغير|300x300بك| قرص مدمج من جينبنك v100]]

== نمو ==
[[ملف:Growth of Genbank.svg|تصغير| النمو في أزواج قاعدة جينبنك، من 1982 إلى 2018، على نطاق شبه لوغاريمي]]
تشير ملاحظات إصدار جينبنك للإصدار 162.0 (أكتوبر 2007) إلى أنه «من عام 1982 حتى الوقت الحاضر، تضاعف عدد القواعد في جينبنك تقريبًا كل 18 شهرًا».<ref name="ReleaseNotes" /><ref>{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Benson|مؤلف7-الأخير=Sayers|PMID=23193287|سنة=2012|صفحات=D36–D42|العدد=Database issue|المجلد=41|صحيفة=Nucleic Acids Research|عنوان=GenBank|DOI=10.1093/nar/gks1195|مؤلف7-الأول=E. W.|مؤلف6-الأول=J.|الأول=D. A.|مؤلف6-الأخير=Ostell|مؤلف5-الأول=D. J.|مؤلف5-الأخير=Lipman|مؤلف4-الأول=I.|مؤلف4-الأخير=Karsch-Mizrachi|مؤلف3-الأول=K.|مؤلف3-الأخير=Clark|مؤلف2-الأول=M.|مؤلف2-الأخير=Cavanaugh|PMCID=3531190}}</ref> {{اعتبارا من|2019|06|15}}، إصدار جينبنك 232.0 يحتوي على 213,383,758 [[موقع كروموسومي|موقعًا]]، 329,835,282,370 قاعدة، من 213,383,758 تسلسلًا تم الإبلاغ عنه.

تتضمن قاعدة بيانات جينبنك مجموعات بيانات إضافية يتم إنشاؤها ميكانيكيًا من جمع بيانات التسلسل الرئيسي، وبالتالي يتم استبعادها من هذا العدد.
{| class="wikitable"
|+ أعلى الكائنات الحية في جينبنك (الإصدار 191)<ref name="pmid21071399">{{استشهاد بدورية محكمة|عنوان=GenBank|صحيفة=Nucleic Acids Res.|تاريخ=January 2011|المجلد=39|العدد=Database issue|صفحات=D32–37|DOI=10.1093/nar/gkq1079|PMID=21071399|PMCID=3013681}}</ref>
! كائن حي
! [[زوج قاعدي|قاعده ازواج]]
|-
| ''[[إنسان|الانسان العاقل]]''
| align="right" | {{Nts|16,310,774,187}}
|-
| ''[[فأر المنازل]]''
| align="right" | {{Nts|9,974,977,889}}
|-
| ''[[جرذ بني|الجرذ النرويجي]]''
| align="right" | {{Nts|6,521,253,272}}
|-
| ''[[بقرة|البقر]]''
| align="right" | {{Nts|5,386,258,455}}
|-
| ''[[ذرة (نبات)|نبات الذرة]]''
| align="right" | {{Nts|5,062,731,057}}
|-
| ''[[خنزير بري]]''
|align="right"| {{nts|4,887,861,860}}
|-
| ''[[دانيو مخطط]]''
|align="right"| {{nts|3,120,857,462}}
|-
| ''[[Strongylocentrotus purpuratus]]''
|align="right"| {{nts|1,435,236,534}}
|-
| ''[[مكاك ريسوسي]]''
|align="right"| {{nts|1,256,203,101}}
|-
| ''[[أرز أسيوي]]''
|align="right"| {{nts|1,255,686,573}}
|-
| ''[[تبغ ذائع]]''
|align="right"| {{nts|1,197,357,811}}
|-
| ''[[قيطم مداري]]''
|align="right"| {{nts|1,249,938,611}}
|-
| ''[[ذبابة فاكهة شائعة]]''
|align="right"| {{nts|1,119,965,220}}
|-
| ''[[شيمبانزي شائع]]''
|align="right"| {{nts|1,008,323,292}}
|-
| ''[[رشاد أذن الفأر]]''
|align="right"| {{nts|1,144,226,616}}
|-
| ''[[كلب]]''
|align="right"| {{nts|951,238,343}}
|-
| ''[[كرمة نبيذية]]''
|align="right"| {{nts|999,010,073}}
|-
| ''[[دجاج الأدغال الأحمر]]''
|align="right"| {{nts|899,631,338}}
|-
| ''[[فول الصويا]]''
|align="right"| {{nts|906,638,854}}
|-
| ''[[قمح طري]]''
|align="right"| {{nts|898,689,329}}
|}

== تعريفات غير مكتملة ==
قواعد البيانات العامة التي يمكن البحث فيها باستخدام أداة البحث عن المحاذاة المحلية الأساسية (NCBI BLAST) التي يستخدمها المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية، تفتقر إلى تسلسل مراجعة النظراء لسلالات النوع وتسلسل السلالات غير النوعية. من ناحية أخرى، في حين يحتمل أن تحتوي قواعد البيانات التجارية على بيانات تسلسل مفلترة عالية الجودة، هناك عدد محدود من التسلسلات المرجعية.

قيمت ورقة نشرت في ''مجلة علم الأحياء الدقيقة السريرية''<ref>{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Kyung Sun Parka, Chang-Seok Kia, Cheol-In Kangb, Yae-Jean Kimc, Doo Ryeon Chungb, Kyong Ran Peckb, Jae-Hoon Songb and Nam Yong Lee|صحيفة=J. Clin. Microbiol.|تاريخ=May 2012|المجلد=50|العدد=5|صفحات=1792-1795|عنوان=Evaluation of the GenBank, EzTaxon, and BIBI Services for Molecular Identification of Clinical Blood Culture Isolates That Were Unidentifiable or Misidentified by Conventional Methods|DOI=10.1128/JCM.00081-12|PMID=22403421|PMCID=3347139}}</ref> نتائج تسلسل الجينات 16S rRNA التي تم تحليلها مع جينبنك بالاقتران مع قواعد البيانات العامة الأخرى المتاحة مجانًا والتي يتم التحكم فيها بالجودة على الويب، مثل [https://web.archive.org/web/20130928154318/http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/ EzTaxon -e] (و [https://web.archive.org/web/20151001000357/http://pbil.univ-lyon1.fr/bibi/ BIBI] (قواعد بيانات [https://web.archive.org/web/20151001000357/http://pbil.univ-lyon1.fr/bibi/.fr / bibi /] ). أظهرت النتائج أن التحليلات التي أجريت باستخدام جينبنك مع EzTaxon -e (kappa = 0.79) كانت أكثر تمييزية من استخدام جينبنك (kappa = 0.66) أو قواعد البيانات الأخرى وحدها.

== انظر أيضا ==
* [[انسمبل]] [[متصفح]] الجينوم للالجينومات الفقارية التي تدعم البحوث في الجينوم المقارنة
* {{وإو|تر=Human Protein Reference Database|عر=قاعدة بيانات مرجعية للبروتين البشري}} (HPRD)
* [[تجميع التسلسلات]]
* [[يونيبروت|قاعدة بيانات لتسلسل البروتين ومعلوماته الوظيفية يونيبروت]]
* {{وإو|تر=List of sequenced eukaryotic genomes|عر=قائمة الجينومات حقيقية النواة التسلسلية}}
* {{وإو|تر=List of sequenced archaeal genomes|عر=قائمة الجينومات المتسلسلة}}
* [[قاعدة بيانات مرجعية]] RefSeq — قاعدة بيانات التسلسل المرجعي
* Geneious — يتضمن أداة تقديم جينبنك
* [[البيانات العلمية المفتوحة]]

== المراجع ==
{{مراجع|30em}}*{{NCBI-handbook}}

== روابط خارجية ==
* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=nucleotide جينبنك]
* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=28302128 سجل تسلسل مثال، لبيتا الهيموجلوبين]
* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/BankIt/ BankIt]
* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/index.html Sequin] — أداة برمجية مستقلة طورتها NCBI لتقديم وتحديث الإدخالات إلى قاعدة بيانات تسلسل جينبنك.
* [http://emboss.sourceforge.net EMBOSS] — مجاني مفتوح المصدر لعلم الأحياء الجزيئي
* [https://web.archive.org/web/20090924045014/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=handbook.section.GenBank_ASM جينبنك وRefSeq وTPA وUniProt: ما هو الاسم؟]
{{روابط شقيقة}}
{{ضبط استنادي}}
{{شريط بوابات|الكيمياء|الولايات المتحدة|تقانة المعلومات|طب|علم الأحياء|علم الأحياء الخلوي والجزيئي|علم الحاسوب|قواعد البيانات}}

[[تصنيف:قواعد بيانات علم الجينات]]
[[تصنيف:قواعد بيانات حيوية]]
[[تصنيف:معاهد الصحة الوطنية الأمريكية]]
[[تصنيف:معلوماتية حيوية]]
[[تصنيف:مقالات أرابيكا المضمنة لنصوص من المكتبة الوطنية الأمريكية للطب]]

جينبنك - تاريخ المراجعة

عبد العزيز: بوت التصانيف المعادلة: +(تصنيف:قواعد بيانات علم الجينات)