https://3rabica.org/index.php?action=history&feed=atom&title=%D8%A3%D8%B3%D8%A7%D8%B3%D9%8A%D8%A7%D8%AAأساسيات - تاريخ المراجعة2026-06-10T02:03:53Zتاريخ التعديل لهذه الصفحة في الويكيMediaWiki 1.43.7https://3rabica.org/index.php?title=%D8%A3%D8%B3%D8%A7%D8%B3%D9%8A%D8%A7%D8%AA&diff=3489585&oldid=prevعبد العزيز: أعمال صيانة : حذف قالب لا صندوق معلومات2023-05-10T03:02:06Z<p><a href="/index.php?title=%D9%85%D8%B3%D8%AA%D8%AE%D8%AF%D9%85:%D9%88%D9%87%D8%B1%D8%A7%D9%86%D9%8A/%D8%B5%D9%8A%D8%A7%D9%86%D8%A9&action=edit&redlink=1" class="new" title="مستخدم:وهراني/صيانة (الصفحة غير موجودة)">أعمال صيانة</a> : حذف قالب لا صندوق معلومات</p>
<p><b>صفحة جديدة</b></p><div>{{يتيمة|تاريخ =أبريل 2023}}<br />
{{مقالة غير مراجعة|تاريخ =أبريل 2023}}<br />
{{جدول قاعدة بيانات بيولوجية|title=نظام التعليقات البكتيرية|logo=|description=For automated bacterial genome annotation and chromosomal map generation|scope='''Data input''': Raw genome sequence (FASTA format), labeled genome sequence (FAST format) or predicted/labeled proteome sequence (FASTA); '''Data output''': Fully annotated genome along with an interactive, annotated genome map|center=University of Alberta|laboratory=[[David S. Wishart]]|author=|released=|format=|url=https://www.basys.ca/|download=https://www.basys.ca/|frequency=Last update 2012|curation=Manually curated}}<br />
'''نظام التعليقات البكتيرية''' (نظام التعليقات التوضيحية البكتيرية) هو خادم ويب متاح مجانًا يمكن إستخدامه لإجراء تعليق توضيحي آلي شامل [[مجموع مورثي|للجينومات]] البكتيرية.<ref name="pmid15608206">{{استشهاد بدورية محكمة|عنوان=BacMap: an interactive picture atlas of annotated bacterial genomes.|صحيفة=Nucleic Acids Res.|سنة=2005|المجلد=33|العدد=Database issue|صفحات=D317–20|PMID=15608206|DOI=10.1093/nar/gki075|PMCID=540029}}</ref> مع ظهور الجيل التالي من تسلسل الحمض النووي، أصبح من الممكن الآن تسلسل [[مجموع مورثي|الجينوم]] الكامل [[بكتيريا|للبكتيريا]] (عادةً حوالي 4 ملايين قاعدة) في غضون يوم واحد. وقد أدى ذلك إلى إنفجار في عدد [[ميكروب|الميكروبات]] المتسلسلة بالكامل. في الواقع، إعتبارًا من عام 2013، كان هناك أكثر من 2700 [[مجموع مورثي|جينوم]] بكتيري متسلسل بالكامل أودع في [[جينبنك]]. ومع ذلك، فإن التحدي المستمر لعلم الجينوم الميكروبي هو العثور على الموارد أو الأدوات لتوضيح العدد الكبير من [[مجموع مورثي|الجينومات]] المتسلسلة حديثًا. طور نظام التعليقات البكتيرية في عام 2005 تحسبًا لهذه الإحتياجات. في الواقع، كان نظام التعليقات البكتيرية أول خادم ويب للتعليقات التوضيحية [[مجموع مورثي|للجينوم]] الميكروبي في العالم يمكن الوصول إليه بشكل عام. نظرًا لشعبيته الواسعة النطاق، حُدّث خادم نظام التعليقات البكتيرية في عام 2011 من خلال إضافة عقد خادم متعددة للتعامل مع العدد الكبير من الإستعلامات التي كان يتلقاها.<br />
<br />
صمم خادم نظام التعليقات البكتيرية لقبول إما بيانات الجينوم المجمعة (بيانات [[تسلسل الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين|تسلسل الحمض النووي]] الخام) أو التخصيصات [[بروتيوم|البروتينية]] الكاملة كمدخلات. إذا وفِّرت [[تسلسل الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين|تسلسل الحمض النووي]] الخام، فإن نظام التعليقات البكتيرية تستخدم [[جليمير|جليمبر]] (الإصدار 2.1.3) لتحديد الجينات. الناتج من نظام التعليقات البكتيرية عبارة عن تعليق توضيحي شامل على مستوى الجينوم (مع حوالي 60 حقلاً فرعيًا للتعليق لكل جين) وخريطة [[خارطة جينية|جينوم]] قابلة للزووم ومرتبطة تشعبيًا لجينوم الإستعلام. يستخدم نظام التعليقات البكتيرية ما يقرب من 30 برنامجًا مختلفًا لتحديد والتعليق على أسماء الجينات/البروتين، ووظائف ج و، ووظائف سي و ج، والمشابهات وتقويم العظام الممكنة، والوزن الجزيئي، والنقطة الكهربية، وبنية [[مشغل (أحياء)|المشغل]]، والتوطين دون الخلوي، [[ببتيد إشعاري|وببتيدات الإشارة]]، [[نطاق عبر غشائي|ومناطق الغشاء]]، والبنية [[بنية ثانوية للبروتين|الثانوية، والبنية]] ثلاثية الأبعاد، ردود الفعل والمسارات. القائمة الكاملة للبرامج المستخدمة من قبل نظام التعليقات البكتيرية مذكورة أدناه:<br />
{| class="wikitable" style="width:600px; height:200px;"<br />
! scope="col" |اسم<br />
! scope="col" | طريقة<br />
|-<br />
| اللمعان 2.1.3<br />
| [[جليمير]] هو برنامج شائع ودقيق للغاية لاكتشاف الجينات من أجل الحمض النووي الميكروبي. في دراسة لـ 31 جينومًا بكتيريًا وأثريًا كاملًا، حقق [[جليمير]] متوسط دقة تنبؤ جيني بنسبة 99.36%. يستخدم [[جليمير]] نماذج أقحم ماركوف للتمييز بين مناطق الترميز من الحمض النووي غير المشفر. ينخفض أداء [[جليمير]] مع زيادة محتوى ج سي. بالنسبة للجينومات ذات المحتوى العالي من ج سي (> 60%)، قد يولد [[جليمير]] عددًا كبيرًا من التنبؤات الإيجابية الخاطئة، وبالتالي يجب إستخدامه بحذر.<br />
|-<br />
| هامر 2.3.2<br />
| تستخدم لعمليات البحث المحلية بفام.<br />
|-<br />
| ديلرمتجانس2.0<br />
| برنامج [[نمذجة متماثلة|نمذجة التماثل]] المطوَّر محليًا.<br />
|-<br />
| إشارة بي 3.0<br />
| تنبؤ إشارة الببتيد.<br />
|-<br />
| تي أم أتش أم أم2.0<br />
| توقع [[بروتين عبر غشائي|حلزونات الغشاء في البروتين]].<br />
|-<br />
| بي أس أي آر إي دي2.45.2 تحديث<br />
| التنبؤ بالهيكل الثانوي. يحقق بي أس أي آر إي دي متوسط درجة Q3 80.6% لتنبؤات [[بنية ثانوية للبروتين|الهيكل الثانوي]].<br />
|-<br />
| بي أس-إسكان<br />
| أداة لفحوصات بروسايت المحلية.<br />
|-<br />
| فادار1.4<br />
| أداة تحليل بنية البروتين المطورة محليًا. يستخدم نظام التعليقات البكتيرية فادار لتحليل هياكل البروتين للحصول على معلومات هيكلية ثانوية.<br />
|-<br />
| بسورت-بي 2.0.4<br />
| تستخدم للتنبؤ بالموقع الخلوي. تبلغ دقة بسورت-بي 96% للبكتيريا [[بكتيريا إيجابية الغرام|موجبة الجرام]] [[بكتيريا سلبية الغرام|وسالبة الجرام]].<br />
|-<br />
| اسم البروتين 1.0.0 تحديث<br />
| وحدة التنبؤ بوظيفة نظام التعليقات البكتيرية. تحقق من صحة هذه الوحدة مقابل مجموعة من البروتينات المشروحة بخبرة من [[متدثرة تراخومية|المتدثرة التراخومية]] .<br />
|-<br />
| يجد بارالوجس 1.0.0 تحديث<br />
| وحدة نظام التعليقات البكتيرية لتحديد بارالوج. أنشئت قاعدة بيانات بارالوج من الترجمات المفاهيمية لمناطق التشفير المحددة المقدمة إلى نظام التعليقات البكتيرية بواسطة [[جليمير]] أو من قبل مقدم الخدمة.<br />
|-<br />
| يجد متجانس 1.0.0 تحديث<br />
| وحدة نظام التعليقات البكتيرية لتحديد متماثل. يبحث في قواعد بيانات الكائن الحي عن [[صبغي متماثل|متماثلات]] محتملة.<br />
|-<br />
| بحث جي ؤو 1.0.0 تحديث<br />
| وحدة نظام التعليقات البكتيريةلاستخراج معلومات [[علم الوجود الجيني]] من مصادر مختلفة.<br />
|-<br />
| مكتشف مشغل 1.0.0 تحديث<br />
| وحدة نظام التعليقات البكتيرية لتحديد [[مشغل (أحياء)|العوامل]].<br />
|-<br />
| مدير الهيكل 1.0<br />
| وحدة نظام التعليقات البكتيرية لمعالجة ملفات [[بنية البروتين]].<br />
|-<br />
| هيكل المصنف 1.0.2 تحديث<br />
| وحدة نظام التعليقات البكتيرية لتحديد فئة الهيكل من معلومات [[بنية ثانوية للبروتين|الهيكل الثانوي]].<br />
|-<br />
| الباحث عن الهيكل 1.0<br />
| وحدة نظام التعليقات البكتيرية لتوليد [[بنية البروتين|هياكل البروتين]] من مصادر مختلفة.<br />
|-<br />
| مشغل-سي ؤو جي 1.0.0 تحديث<br />
| وحدة نظام التعليقات البكتيرية لتحديد فئات ووظائف سي ؤو جي الوظيفية.<br />
|-<br />
| مدير الهيكل الثانوي 1.0<br />
| وحدة نظام التعليقات البكتيرية لتوليد معلومات [[بنية ثانوية للبروتين|البنية الثانوية]] من مصادر مختلفة.<br />
|-<br />
| إي سي رقم-مشغل<br />
| وحدة نظام التعليقات البكتيرية لرسم خرائطإي سي_رقم من وإلى مصادر مختلفة.<br />
|-<br />
| مدير تعليق سويس بروت 1.0.0 تحديث<br />
| وحدة نظام التعليقات البكتيرية لمقارنة التعليقات التوضيحية من سجلات [[يونيبروت|سويس بروت]] وتطبيقها بشكل انتقالي.<br />
|-<br />
| مدير الشرح سي سي دي بي 1.0.0 تحديث<br />
| وحدة نظام التعليقات البكتيرية لمقارنة التعليقات التوضيحية من سجلات سي سي دي بي وتطبيقها بشكل انتقالي.<br />
|-<br />
| معرف الجينات 1.0<br />
| وحدة نظام التعليقات البكتيرية لتنسيق معلومات تحديد الجينات من [[جليمير|بصيص]] أو تقديمات المستخدم.<br />
|-<br />
| مدير التعليقات التوضيحية نظام التعليقات البكتيرية 1.0.0 تحديث<br />
| مدير خط أنابيب نظام التعليقات البكتيرية.<br />
|-<br />
| مدير البحث كي إي جي جي<br />
| وحدة نظام التعليقات البكتيرية للبحث عن المعلومات الأيضية واستخراجها من [[موسوعة كيوتو للجينات والمجينات|كي إي جي جي]].<br />
|-<br />
| مدير توطين الخلية الفرعية 1.0.0 تحديث<br />
| وحدة نظام التعليقات البكتيرية لتوليد شرح توضيحي للموقع الفرعي الخلوي من مصادر مختلفة.<br />
|}<br />
بالإضافة إلى التعليق التوضيحي الشامل لكل جين/بروتين في جينوم الاستعلام، ينشئ نظام التعليقات البكتيرية أيضًا خرائط دائرية ملونة وقابلة للنقر وقابلة للتكبير والتصغير بالكامل لكل [[كروموسوم]] إدخال. أنشئت [[خارطة جينية|خرائط الجينوم]] البكتيري بإستخدام برنامج يسمى سي ج منظر (عارض الجينوم الدائري) والذي طُورت في عام 2004.<ref name="pmid15479716">{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير=Stothard|الأول=P|الأخير2=Wishart DS|عنوان=Circular genome visualization and exploration using CGView.|صحيفة=Bioinformatics|سنة=2005|المجلد=21|العدد=4|صفحات=537–9|PMID=15479716|DOI=10.1093/bioinformatics/bti054}}</ref> صممت [[خارطة جينية|خرائط الجينوم]] للسماح بالتنقل السريع والتصور التفصيلي لجميع التعليقات التوضيحية الجينية التي نشأت بواسطة نظام التعليقات البكتيرية. يستغرق تشغيل نظام التعليقات البكتيرية الكامل حوالي 16 ساعة لمتوسط كروموسوم بكتيري (حوالي 4 ميجا بايت). يمكن عرض تعليقات نظام التعليقات البكتيرية وتنزيلها بشكل مجهول أو من خلال نظام وصول محمي بكلمة مرور. ستقوم نظام التعليقات البكتيرية بتخزين تعليقات الجينوم البكتيري على الخادم لمدة أقصاها 180 يومًا. تتعامل نظام التعليقات البكتيرية مع ما يقرب من 1000 طلب في السنة. يمكن الوصول إلى نظام التعليقات البكتيرية على https://www.basys.ca/<br />
<br />
== نطاق ووصول ==<br />
جميع البيانات في BacMap ليست ملكية أو مشتقة من مصدر غير مملوك. يمكن الوصول إليه مجانًا ومتاح لأي شخص. بالإضافة إلى ذلك، يمكن تتبع كل عنصر من عناصر البيانات تقريبًا وإشارته صراحة إلى المصدر الأصلي. تتوفر بيانات BacMap من خلال واجهة ويب عامة وتنزيلات.<br />
<br />
== أنظر أيضًا ==<br />
<br />
* [[علم الجينوم الوظيفي]]<br />
* [[بكتيريا]]<br />
* [[مجموع مورثي|الجينوم]]<br />
* [[علم الأحياء الدقيقة|علم الاحياء المجهري]]<br />
<br />
== مراجع ==<br />
{{مراجع}}<br />
{{شريط بوابات|إنترنت}}<br />
[[تصنيف:كيمياء حيوية]]<br />
[[تصنيف:قواعد بيانات حيوية]]</div>عبد العزيز